Amikor két éve megkérdezték tőle, mi tenne egy nappal a világvége előtt, a vörös hajú színésznő azt mondta, hogy férjhez menne a barátjához. Az esküvőt 2003. októberében meg is tartották, de a világvége szerencsére nem jött el. A férje Alexis Denisof színész, akivel a Buffy, a vámpírok réme és az Angel című tévésorozatokban dolgoztak együtt. A rajongókat mulattatta, vajon hogyan él két ilyen vámpírsorozat sztárja. Alyson Hannigan elmondta: - „Mindenkit ki kell ábrándítanom, mert otthon sohasem beszélgetünk vámpírokról, sőt a délutáni teán sem vért szürcsölünk”. Alyson és Alexis házaspárként a Somewhere Over The Rainbow című dalra táncolt először, majd stílusosan Kansas-ben töltötték a mézesheteket. Korábban Marylin Manson dobosa, Ginger Fish volt a barátja. Eredetileg nem Michelle szerepét kapta meg az Amerikai pitében, hanem a kissé konzervatív kóristalányét, melyet végül Mena Suvari játszott el. Amikor Alyson elolvasta a forgatókönyvet, rögtön lecsapott a zenetáboros lány szerepére, mert nagyon viccesnek találta. Klarinéton játszik. A bokáján egy törzsi delfintetoválás van, a hátán pedig egy szerencsehozó japán ábra. Tinikorában női focista volt, de egy sérülés miatt abba kellett hagynia. Pszichológiából diplomázott. Szabadidejében kick bokszol. Az Amerikai Mellrák Alapítvány szóvivője. Szívesen beszélget a rajongóival az interneten vagy telefonon. Ötször választották a világ száz legszexisebb nője közé. Kedvenc filmje: A John Malkovich menet Kedvenc zenészei: Sting, Queen, Macy Gray, Beck Mit irigyel másoktól? – A szervezőkészséget